แหล่งก่อมลพิษในพื้นที่ทะเลสาบสงขลา ที่ส่งผลกระทบต่อคุณภาพน้ำทะเลสาบสงขลา แบ่งออกเป็น 2 กลุ่ม คือ แหล่งมลพิษที่มีจุดกำเนิดที่แน่นอน (Point Source) และแหล่งมลพิษที่มีจุดกำเนิดไม่แน่นอน (Non Point Source) 1. แหล่งมลพิษที่มีจุดกำเนิดที่แน่นอน (Point Source) ประกอบด้วย ชุมชน โรงงานอุตสาหกรรม ฟาร์มสุกร และพื้นที่เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ              มลพิษจากชุมชน ประกอบด้วยน้ำทิ้งที่เกิดจากกิจกรรมต่างๆ ที่มีสารอินทร์