ชนิดของตะกอนที่สะสมตัวในทะเลสาบสงขลา ประกอบด้วยตะกอน 3ชั้น ได้แก่ ตะกอนชั้นล่างสุดเป็นตะกอนเดิมที่เกิดจากการพัดพาของน้ำที่เกิดจากการพัฒนาภาคพื้นทวีปในช่วงที่ระดับน้ำทะเลถดถอยลง และมีการเชื่อมต่อกับแผ่นดินซุนด้าเป็นบริเวณกว้างขวาง โดยจะพบตะกอนที่เป็นกรวด ทรายหยาบ ที่แสดงการสะสมตัวของร่องน้ำโบราณ (Paleo-channel) ซึ่งอาจจะกล่าวได้ว่าการสะสมตัวของตะกอนชั้นล่างสุดนี้จะสะสมตัวตามความลาดชันของพื้นที่หรือตามความลาดเอียงของตะกอนน้ำพารูปพัด (Alluvial fan substrate) และการที่มีทางน้ำพัฒนาการอยู่มากมายทำให้ภายหลังจากการที่มีตะกอนมาปิดทับจะทำให้ทางน้ำเหล่านั้นถูกฝังกลบไป ตะกอนชั้นกลางเป็นตะกอนที่เกิดจากการสะสมตัวโดยกระบวนการทำงานของทะเลเป็นส่วนมาก หมายถึง เป็นตะกอนที่สะสมตัวในช่วงการรุกเข้ามาของน้ำทะเลในช่วงหลังยุคน้ำแข็งครั้งสุดท้าย (Post Glacial Marine Transgression: PGMT) โดยตะกอนจะผสมระหว่างตะกอนดินโคลนทะเล และตะกอนทราย หาดอาจจะแสดงแนวชั้นตะกอนที่มีการแลกเปลี่ยนไอออนออกซิเจน (Oxidation) เป็นชั้นที่น่าจะเป็นชั้นบ่งชี้ในการเทียบเทียงตะกอนได้เป็นอย่างดี