ชั้นคุณภาพลุ่มน้ำ เป็นการแบ่งเขตพื้นที่ลุ่มน้ำโดยมุ่งเน้นที่คุณสมบัติของพื้นที่ต่อการชะล้างพังทลายของดิน และความเปราะบางทางสิ่งแวดล้อมเป็นหลักในการกำหนดขอบเขตพื้นที่ที่มีดินและสิ่งแวดล้อมเปราะบางง่ายต่อการชะล้างพังทลาย จะต้องเก็บรักษาไว้เป็นแหล่งต้นน้ำ ลำธาร ส่วนพื้นที่ใดมีความคงทนต่อการพังทลายของดินก็สามารถนำไปใช้ในกิจกรรมต่างๆ ได้ พื้นที่ลุ่มน้ำชั้น 1 และชั้น 2 เป็นพื้นที่สูงอยู่ตอนบานของลุ่มน้ำ มีสภาพพื้นที่เป็นภูเขาสูงชัน มีคุณสมบัติที่อาจมีผลกระทบทางสิ่งแวดล้อมจากการเปลี่ยนแปลงการใช้ประโยชน์ที่ดินได้ง่ายและรุนแรงจึงควรรักษาไว้เป็นพื้นที่ต้นน้ำลำธาร จากการวิเคราะห์ข้อมูลการใช้ที่ดินที่ไม่เหมาะสมกับชั้นคุณภาพลุ่มน้ำในพื้นที่ลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา (สถานวิจัยสารสนเทศภูมิศาสตร์ฯ, 2553) โดยวีการซ้อนทับข้อมูลในระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ (Overlay) พื้นที่ลุ่มน้ำชั้น 1 และชั้น 2 ร่วมกับข้อมูลการใช้ที่ดิน ปี พ.ศ.2552 พบว่า ร้อยละ